sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev
sudo rm /var/lib/apt/lists/lock
sudo apt-get update
sudo apt-get install libblas-dev checkinstall
sudo apt-get install libblas-doc checkinstall
sudo apt-get install liblapacke-dev checkinstall
sudo apt-get install liblapack-doc checkinstall
sudo apt-get install libatlas-base-dev
#Lapack and UMFPACK
sudo apt-get install libsuitesparse-dev
sudo aptitude libnetcdf-dev libboost-random-dev
sudo aptitude libnetcdf-cxx-legacy-dev
#openmpi gmsh 已安装 libopenmpi-dev和openmpi-bin
sudo aptitude install libopenmpi-dev openmpi-bin openmpi-doc
sudo apt-get install -y libparmetis-dev
sudo apt-get install –reinstall libopenmpi-dev
In the source directory execute the following (substitute jessie for XXXX):
scons -j1 options_file=scons/yang_options.py
If you wish to test your build, you can use the following:
scons -j1 py_tests options_file=scons/yang_options.py
run:
/home/yang/dddd/src/bin/run-escript grav_netcdf.py
pip install pyproj
LAPACK、BLAS的编译
LAPACK是一个高性能的线性代数计算库。我已经在Ubuntu下编译成功，不想编译它的读者可以直接下载我编译的结果lapack4Bundler.zip，解压后共3个文件，将它们拷贝到Bundler工程的lib文件夹里即可。如果想体验LAPACK的编译过程，则可以参考下面几步：
首先下载LAPACK编译包，下载地址为： http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.8.0.tar.gz，目前官方放出的最新版是lapack-3.8.0.tgz：
wget http://www.netlib.org/lapack/lapack-3.8.0.tar.gz
下载完后解压：
tar -xzvf lapack-3.8.0.tar.gz
在make之前，需要先创建一个make.inc文件，可以直接根据make.inc.example创建：
cd lapack-3.8.0
cp make.inc.example make.inc
如果是使用Ubuntu+gfortran，则无须更改make.inc里的内容，否则需要根据系统环境和编译器修改文件里对应的选项。LAPACK依赖BLAS，因此在编译LAPACK前需要提供BLAS包，所幸LAPACK里已经集成了BLAS包，但默认并不编译它。要想编译LAPACK前先编译BLAS，需要修改一下makefile：
gedit Makefile
光标定位到第11行并将内容改为：
lib: blaslib lapacklib tmglib
保存退出，然后开始make整个工程。
make
编译完成后，目录下将生成blas_LINUX.a、lapack_LINUX.a和tmglib_LINUX.a三个文件。
简单讲述下在 Ubuntu 中安装 OpenMPI 的过程。
https://www.open-mpi.org/software/ompi/v3.0/
- 下载OpenMPI
在官网上下载最新版本的安装包，如：openmpi-3.0.0.tar.gz
wget https://www.open-mpi.org/software/ompi/v3.0/downloads/openmpi-3.0.0.tar.gz
- 解压并进行配置
tar -zxvf openmpi-3.0.0.tar.gz
cd openmpi-3.0.0
./configure –prefix=”/usr/local/openmpi”
注意最后一行是将其安装到 /usr/local/openmpi目录下，可以指定为其他目录，如，用户目录下。
- Build 并安装
make -j4
sudo make install
可以在make后加参数-j8, 表示用8核编译
- 添加环境变量
在.bashrc文件中添加下列几行
export PATH=”$PATH:/usr/local/openmpi/bin”
export LD_LIBRARY_PATH=”$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/openmpi/lib/“
保存后，执行
sudo ldconfig
打开新的终端，使环境变量生效。
- 测试是否安装成功
mpirun
